본 사업은 주관부처인 질병관리청이 중심이 되어 7개의 부처(질병관리청, 과학기술정보통신부, 농림축산식품부, 환경부, 해양수산부, 식품의약품안전처, 농촌진흥청)가 참여하고 있으며, 연구대상 및 목적에 따라 참여부처가 함께 운영하는 통합관리체계와 각 부처가 독립적으로 운영하는 개별관리체계로 구성되어 있다.
사업운영 및 관리를 위한 다부처 공동대응사업 운영관리규정을 제정(‘20.9.)하여, 운영관리규정에 따라 사업 관련 최고 의사결정기구인 운영위원회를 두고 사업 운영과 관련된 세부 사항(연구과제 기획, 세부 추진계획 수립 및 협의, 성과 공유 등)을 조정하는 실무자협의회를 구성하여, 참여부처 내 담당부서의 R&D 실무를 담당하는 공무원(연구관 및 연구사)이 직접 실무 및 조정을 수행한다. 또한, 7개의 부처에서 추천받은 외부전문가로 구성된 자문위원회를 운영하여 전문가의 의견 및 정보를 구하고 논의하는 자리를 마련하고 있다.